Al Capone sentía que su reino del crimen llegaba a su fin. En Mayo de 1929 había asistido a una reunión con otros jefes de la mafia en Atlantic City. De ahí viajó a Philadephia acompañado por su fiel guardaespaldas Frank Rio. La policía local había sido advertida del peligroso perfil de Capone y lo detuvieron en plena carretera. Se aprestaron a revisar su auto encontrando varias armas de fuego. En menos de 17 horas Capone había sido encontrado culpable de tráfico ilegal de armas y sentenciado a un año de prisión.

Desde el interior de la penitenciaría el mafioso manejaba los hilos de su empresa del crimen, al permitirle hacer llamadas de larga distancia y utilizar la oficina del director para reunirse con sus abogados y con su mano derecha, Frank Nitti. Además se le había asignado una celda particular y a dos policías para su protección las 24 horas. Finalmente, el 17 de Marzo de 1930 fue liberado por buena conducta cumpliendo apenas 6 meses de encarcelamiento.

La ciudad de Chicago y sus autoridades lo recibieron como el Enemigo Público Número Uno de la sociedad y asignaron a un pelotón de policías para seguirlo a todas partes, noche y día. Capone desesperadamente buscó residencia en cualquier otra ciudad del país. Apenas al llegar a Los Ángeles California las autoridades le dieron 24 horas para salir del estado so pena de ser arrestado.

En el estado de South Dakota la guardia nacional le impidió cruzar la línea estatal. De todas partes de la nación le hacían llegar advertencias al gangster de no acercarse. Ni siquiera en La Habana, Cuba lo recibirían. Capone decidió ir a su residencia familiar en Miami pero la policía y el ayuntamiento lo mantuvieron retenido por varias horas presionándolo para no quedarse allí.

Sin más remedio regresó a Chicago donde fue detenido y enjuiciado por el fisco. El 17 de Octubre de 1931 fue sentenciado a 11 años de prisión por evasión de impuestos y fue enviado a purgar su condena a la temida prisión de Alcatraz. Al cumplir 10 años de su condena fue puesto en libertad y vivió sus últimos días al lado de su esposa Mae Capone y su único hijo Sonny. Alphonse Capone moriría por complicaciones de un avanzado cuadro de sífilis, el 25 de enero de 1947.